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超螺旋引起复制的问题
超螺旋的细菌染色体为环状的，而且两个复制叉以相对的方向绕着环状进行作用 。这过程就是双向复制 (bi-directional replication)。环状的DNA分裂时，中间会出现像希腊字母θ(theta) 的构造，所以这种模式也称作θ复制 (theta-replication)。
在大肠杆菌中有两种第二型拓朴异构酶，即DNA促旋酶(DNA gyrase) 与拓朴异构酶IV (topoisomerase IV)，影响了DNA的复制。
DNA促旋酶会结合在复制叉的前端DNA上，引起可以取消正螺旋的负螺旋。淨结果 (net result) 为DNA促旋酶移除复制叉前面的超螺旋结构。拓朴异构酶IV在过程中或其他方面有协助的作用，但主要的功能，是解开复制完成后的子代DNA物质。
喹啉酮 (quinolone) 抗生素利用在第二型拓朴异构酶上的作用，抑制了细菌DNA的复制，特别是DNA促旋酶。受到抑制的DNA促旋酶仍然结合在DNA的位置上，并且阻止复制叉的移动，而整个反应的结果为导致细胞死亡
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