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传统的微生物显微镜下鉴定法简介
检测方法传统的微生物鉴定法，乃将微生物以染剂染色后，置于显微镜下观察其特殊之型态或构造。1988 Hibler 首先使用ZineSulfate-Lugol's Iodine 染色法测试清水中的梨形鞭毛虫及隐孢子虫。
但是利用传统的细胞染色法很难在浓缩的水样中区分微生物的种类，也无法准确的标定特定的微生物，所以误判率非常高。
因为要由数量庞大的微生物中找出属少数的梨形鞭毛虫及隐孢子虫，其难度不亚于将各色各样的小玻璃珠铺满游泳池，
然后从中挑选出特殊花珠子有多少颗(孢囊的直径约10 μm，载玻片边长约 2cm，弹珠直径约1 cm，游泳池每边约20 m，其比例相当)。
所以目前甚少直接使用染色法来检测水体中的原虫。所以适当的梨形鞭毛虫及隐孢子虫检测方法，必须对受测之原虫具有专一性，使操作者能非常容易进行判定
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